Die Donau wurde in Österreich durch die fast durchgängige Kette an Laufkraftwerken, aber auch durch Hochwasserschutzmaßnahmen und Flussregulierung weit von ihrem ursprünglichen Zustand entfernt.

Dennoch ist auch die österreichische Donau heute noch ein außerordentlich artenreicher Lebensraum und das Donautal ein bedeutender Ost-West Korridor für die Tier- und Pflanzenwelt. Das ökologische Bewusstsein hat bei via donau eine lange Tradition.

Bereits seit den 1980er Jahren kam es zur Einrichtung von Biotopschutzgebieten und zur Konzeption von ersten Renaturierungsprojekten. Zuerst mit Uferstrukturierungen in Stauräumen und anschließend auch mit Wiederanbindungen von abgetrennten Nebenarmen in den freien Fließstrecken der Donau.

Auf Basis dieser Erfahrungen wurde in den letzten Jahren eine Reihe von Projekte zur Verbesserung und Erhaltung des Lebensraums Donau mit Unterstützung des Umweltförderprogramms LIFE der Europäischen Union umgesetzt bzw. sind in Bearbeitung oder Vorbereitung.

Die Grenzflüsse March und Thaya wurden durch Regulierungsmaßnahmen im letzten Jahrhundert in einen morphologisch stationären Zustand versetzt. Für eine Dynamisierung und zur Verbesserung des ökologischen Zustands werden mit tschechischer und slowakischer Seite Maßnahmenpläne erarbeitet und umgesetzt.

via donau stützt sich dabei zum einen auf die im Wasserstraßengesetz 2004 definierten ökologischen Aufgaben der Wasserstraßengesellschaft, zum anderen auf die seit der Novelle des Wasserrechtsgesetzes im Jahr 2003 in Österreich umgesetzte Wasserrahmenrichtlinie der Europäischen Union (Richtlinie 2000/60/EG).