Für die Planung und Umsetzung von Renaturierungsmaßnahmen bildet via donau je nach Gebiet und Projektsanforderung Kooperationen. diese können mit lokalen Institutionen, NGO’s, zuständigen Ämtern von Landesregierungen oder Betroffenen sowohl auf nationaler als auch internationaler Ebene geschlossen werden.

Für die Umsetzung dieser Maßnahmen wird versucht Förderinstrumente der Europäischen Union zu nutzen.

Im Rahmen des Projekts LIFE+ Mostviertel – Wachau werden im Zeitraum von 2009 bis 2014 drei Nebenarme wieder an die Donau angebunden.

• Die vorhandenen Gewässerreste des historischen Nebenarmes bei Schallemmersdorf am linken Donauufer sollen auf einer Länge von etwa 2 km miteinander verbunden werden.
• Am rechten Ufer der Donau östlich der Ortschaft Schönbühel existiert ein Rest eines historischen Nebenarmes der durch Ausbaggern einer großzügigen Einström- und Ausströmöffnung in einen durchflossenen Nebenarm von etwa 1 km Länge umgewandelt werden soll.
• Zwischen Dürnstein und Weißenkirchen existiert am linken Donauufer ein weiterer abgetrennter Altarmrest der ganzjährig mit der Donau verbunden werden soll.
  
  

Im Projekt MoRe - Revitalisierung der March wird gemeinsam mit slowakischen PartnerInnen ein abgestimmter Maßnahmendetailplan für 15 Flusskilometer der March erstellt werden. Dies Projekt wird entsprechend der EU Wasser- und Naturschutz-Richtlinien zur grenzüberschreitenden Zusammenarbeit von 2010 bis 2013  durchgeführt.

Durch morphologische Maßnahmen sollen die Ziele Wasserrahmenrichtlinie, der Fauna-Flora-Habitat RL sowie des trilateralen Ramsarschutzgebiet erreicht werden.

Die Donau zwischen Wien und der österreichisch-slowakischen Staatsgrenze ist zum überwiegenden Teil vom Nationalpark Donau-Auen umgeben. Diese frei fließenden Strecke von etwa 48 km Länge stellt aufgrund ihrer ökologischen Bedeutung einen Schwerpunkt der Renaturierungsvorhaben der via donau dar.

In Zusammenarbeit mit dem Nationalpark wurden bereits einige Nebenarme wieder verstärkt an die Donau angebunden. Der Rückbau der Uferbefestigung gegenüber Hainburg wurde von der Europäischen Union als "Best LIFE Nature Project" ausgezeichnet.

Das Flussbauliche Gesamtprojekt und seine Pilotprojekte stellen bedeutende Renaturierungsvorhaben dar, die wesentliche Verbesserungen für die ökologischen Verhältnisse im Nationalpark erreichen. Negativen Trends wie der Eintiefung der Stromsohle wird entgegengewirkt.