Als Infrastrukturerhalter sorgt via donau für die Erhaltung der Wasserstraße Donau, die Instandhaltung und den Schutz der Ufer und Uferbauwerke und nimmt Aufgaben des Hochwasserschutzes wahr. Zum Zuständigkeitsbereich von via donau gehören Donau, March und Thaya.

Das Wasserstraßenmanagement erfüllt damit die wasserstraßenspezifischen Aufgaben des Bundes, wobei die strategische Planung, Steuerung und Kontrolle weiterhin dem bmvit obliegt. Der genaue Aufgabenbereich ist im Wasserstraßengesetz geregelt und umfasst folgende Bereiche: 

• Regulierung, Instandhaltung und Ausbau der Gewässer
• Hochwasserschutz
• Gewässerschutz, Beobachtung des Gewässerzustandes
• Ufergestaltung, Verbesserung der Lebensbedingungen für Tiere und Pflanzen
• Treppelwege
• Bundeshäfen und Bundesländen
• Hydrologie, Hydrografie, Messwesen
• Bundesagenden der Donauhochwasserschutzkonkurrenz
• Erfüllung von internationalen Verpflichtungen auf österreichischen Wasserstraßen (z.B. TEN Transeuropäisches Netz oder Grenzgewässerkommission)
• Verwaltung des öffentlichen Wassergutes und von Grundstücken
• Verwaltung der beweglichen und unbeweglichen Sachen des Bundes
• Aufgaben nach dem Wasserbautenförderungsgesetz

Im Unternehmen werden diese Aufgaben von unterschiedlichen Teams und Gruppen erfüllt:

• Planung, Vergabe und Kontrolle von Wasserbauarbeiten zur Erhaltung der Wasserstraße oder von ökologischen Ufergestaltungen durch die Teams Wasserbaumanagement und Ökologie
• Planungsteam Flussbauliches Gesamtprojekt zur Beseitigung von Engstellen der Wasserstraße Donau gemäß internationalen Vereinbarungen
• Streckenerhaltung durch via donau Außenstellen
• Erhebung und Auswertung notwendiger hydrologischer Grundlagendaten durch die Teams Hydrologie und Hydrographie
• Liegenschaftsverwaltung
• Geschäftsführung der Donauhochwasserschutzkonkurrenz