Wasserbauprojekte laufen in einem ökologisch besonders sensiblen Umfeld ab. Die via donau geht mit den ihr anvertrauten Gewässerökosystemen verantwortungsvoll um und setzt alles daran, Maßnahmen an Gewässern nur unter größtmöglicher Schonung der Umwelt vorzunehmen. Die Ökologen von via donau sorgen für Betreuung und Monitoring von Wasserbau-Projekten und sichern die ökologische Kompetenz des Wasserstraßenmanagements.

Projekte im Bereich Ökologie und Biotopschutz, die Erarbeitung von Umweltverträglichkeitserklärungen und ein ökologisches Projekt-Controlling gehören zum zentralen Aufgabenbereich. Außerdem bringt das Team ökologische Expertise in das flussbauliche Gesamtprojekt am Donauabschnitt östlich von Wien ein – einer richtungsweisenden Verbindung zwischen den Interessen der Schifffahrt und den Schutzzielen des Nationalparks Donau-Auen.

Eine Umweltverträglichkeitserklärung für die Sanierung von Hochwasserschutzdämmen oder ein Renaturierungsprojekt an der March sind nur einige der aktuellen Projekte im Fachbereich Ökologie. Im Rahmen des EU LIFE Programms betreut via donau einige Projekte zur Verbesserung und Erhaltung des Lebensraums Donau. Durch das LIFE Natur Projekt Wachau entstehen Flussinseln, die schon bald zahlreichen Vogelarten als Brut- und Winterrastplätze dienen werden und verlandende Altarmsysteme werden wieder mit der Donau vernetzt. Beim Uferrückbau Hainburg werden Ufersicherungen entfernt, um der Donau wieder mehr Gestaltungsspielraum zu geben.

Im Rahmen internationaler Schutzbemühungen, besonders im Zusammenhang mit den NATURA 2000 -und RAMSAR Gebieten Donau, March und Thaya einschließlich ihrer Überschwemmungsgebiete, ist via donau auch in grenzüberschreitende Projekte eingebunden. Aktuelles Beispiel ist das INTERREG-Projekt March.