Flüsse unterliegen permanenten Veränderungen. Hochwässer, Anlandungen, Erosion und Eintiefung verändern auch die Befahrbarkeit für die Schifffahrt. Aufbauend auf der Beobachtung der Fahrwasserverhältnisse und der Hochwasserabfuhr widmet sich das Wasserbaumanagement der via donau daher der Bedarfserhebung, Planung und Vergabe von Wasserbauprojekten und laufenden wasserbaulicher Maßnahmen.

Das Tagesgeschäft des Wasserbaumanagements ist die Projektbetreuung für Erhaltungsmaßnahmen in der Schifffahrtsrinne und an der Strecke. Diese umfassen beispielsweise Baggerungen in Furtbereichen, wobei das Material für die Schaffung von Kiesstrukturen oder als Geschiebezugabe genutzt wird. Feinsedimentbaggerungen sind in Anlandungsbereichen von Schleusen und Häfen erforderlich. Auch Felsräumungen sind von Zeit zu Zeit notwendig. Außerdem liegen im Aufgabenbereich des Wasserbaumanagements auch die Regulierungsbauwerke wie Buhnen und Leitwerke, sowie die Erhaltung der Ufer- und Kaimauern, Treppelwege, Stiegen, Rampen, Pegel, Vermessungspunkte und Kilometerzeichen.

Bei der Planung und Abwicklung der Projekte legt via donau Wert auf die Einbeziehung von ökologischen Zielsetzungen für Flüsse und Uferregionen. Im Wasserbaumanagement nehmen mittlerweile die ökologisch ausgerichteten Gestaltungs- und Revitalisierungsprojekte einen wichtigen Stellenwert ein. Im Rahmen des LIFE Natur Projekts Wachau werden einerseits neue Schotterinseln geschüttet, die schon bald zahlreichen Vogelarten als Brut- und Winterrastplätze dienen werden, andererseits werden verlandende Altarmsysteme wieder mit der Donau vernetzt. Bei der Altarmrevitalisierung Wallsee wurden naturnahe Insel- und Uferstrukturen zur Verbesserung der ökologischen Funktion geschaffen.

Mit dem Flussbaulichen Gesamtprojekt auf der Donau östlich von Wien wurde ein internationales Vorzeigeprojekt geschaffen, das durch die technischen Möglichkeiten des Wasserbaus die Interessen der Schifffahrt mit den Zielen der Ökologie und des Nationalparks Donau-Auen bestmöglich verbindet.